R의 가장 큰 단점은 불편한 사용법이다. 명령어를 일일이 입력해서 자료를 분석하는 방법은 익숙해지면 메뉴 방식보다 편리하지만 익숙해지는 데 제법 시간이 걸린다.
'R 커맨더'라는 패키지를 설치하면 R을 SPSS에서처럼 메뉴만 클릭해서 사용할 수 있다. R의 명령창에 아래와 같이 입력하면 설치된다.
install.packages("Rcmdr",dependencies=T)
R 커맨더는 불러들이기만하면 자동으로 실행된다.
library(Rcmdr)

R 커맨더는 위에서부터 다섯 부분으로 나눠져 있다.
SPSS와 사용법이 거의 동일하다. 단, SPSS는 한 번에 하나의 파일만 불러들일 수 있는 대신 R 커맨더는 여러 개의 자료를 불러들일 수 있다. 대신 어떤 자료를 분석할 것인지 선택해줘야 한다.
직접 명령하기
사용자가 직접 명령을 입력할 때는 다음과 같이 한다.
그냥 R의 원래 명령창에 명령을 입력해도 된다.